web开发应用三层构架真的有必要么

效率上的损失是为了接口的统一和表现的一致性，正像你所说的，提交表单直接操作数据库效率是最高的，可是如果这样做，那可能就一个人一个做法，将来项目的维护难度可想而知。

“每次修改过数据库都非常痛苦”

这个我同意，问题是一个成熟的系统前期的设计就需要充分考虑到未来业务的发展和功能的扩充，如果一个应用系统稍作改动数据库就要做对应的改动，那么只能说明数据库的设计是不成熟的。

说实话，我没做过几个web开发应用，不过从事过其他行业的系统设计，有一点点的了解。前面表述的观点如果有误纯属正常，不要见怪。