电子商务系统是商务与技术结合的产物，所以在电子商务应用的全过程中，都必须充分兼顾这商务和技术两个方面的因素，以科学、合理的程序展开系统设计、建设和应用工作。如果按阶段划分，要实现电子商务应用，电子商务系统建设大致需要经过下列的阶段：
1、商务分析阶段
这是实现电子商务应用计划的第一步。
这一阶段的工作主要是进行充分的商务分析，主要包括需求分析(包括企业自身需求、市场需求以及客户需求等)和市场分析(包括市场环境、客户分析、供求分析和竞争分析等)两个方面。
在电子商务条件下，市场范围扩大，创新速度加快，竞争的压力越来越大，竞争的频率越来越高，因此必须对拟建的电子商务系统在未来可能面临的竞争尽可能做出分析，最大限度地避免竞争失利。
此外，还要对企业自身状况进行分析，包括对企业组织、管理、业务流程、资源、未来发展的分析，等等。要结合电子商务的特点，从供应链的角度重新审视企业组织、管理与业务流程，寻找与电子商务的最佳结合部。
2、规划设计阶段
在完成上述商务分析的基础上，在掌握电子商务最新技术进展的情况下，充分结合商务和技术两方面因素，提出电子商务系统的总体规划，提出电子商务系统的系统角色，提出电子商务系统的总体格局，亦即确定电子商务系统的商务模式，以及与商务模式密切相关的网上品牌、网上商品、服务支持和营销策略四个要素。
电子商务系统设计工作可以由此展开，也即从子系统、前台、后台、技术支持、系统流程、人员设置等各个方面全面构架电子商务系统。此阶段的工作完成的好坏，将直接关系到后续电子商务系统建设和将来电
子商务系统运行和应用的成功与否。
3、建设变革阶段
这个阶段的工作分为两条线：一条线是按照电子商务系统设计，全面调整、变革传统的组织、管理和业务流程，以适应电子商务运作方式的要求;另一条线是按照电子商务系统设计，全面进行计算机软硬件配置、网络平台建设和电子商务系统集成，完成电子商务系统技术支持体系的建设，从技术上保障电子商务系统的正常运作。
